Suite

Déplacer des vecteurs vers des coordonnées spécifiées dans QGIS ?


J'ai une couche de vecteurs situés autour, disons, (100, 100), et je veux les déplacer vers de nouvelles coordonnées comme (1000, 1000).

Comment dois-je le faire avec QGIS ?


Oui bien sûr. Comme Alexgleith l'a dit, vous pouvez utiliser le plugin qgsaffine (depuis le programme d'installation du plugin)

Le haut de la première ligne est à 0,0 et le haut de la deuxième ligne est à 5,5. Au départ les points sont le long de 0 sur le X.

En utilisant le plugin Affine, nous pouvons ajouter 5 à toutes les coordonnées X :

Puis après ils sont tous sur la deuxième ligne à X 5, Y 5 :


Si vous souhaitez les déplacer manuellement, commencez simplement à éditer, sélectionnez les entités que vous souhaitez déplacer, puis sélectionnez l'outil de déplacement et déplacez-les.

Pour les déplacer d'un décalage x,y particulier, vous pourrez peut-être utiliser le plugin python "qgsaffine".

Je ne suis pas à jour dans l'utilisation de la console python, mais il y a probablement une solution là aussi.


Le plugin dans la réponse acceptée n'est plus disponible. Les transformations affines sont disponibles et sont très utiles.

Avec ce plugin, vous pouvez créer une formule. Dans la capture d'écran, j'ai déplacé toutes les cellules de 17,396 (mètres) vers le nord.


Dans QGIS 3.x, le plugin n'a plus besoin de déplacer des formes vectorielles car il existe une routine appelée "Traduire" dans Toolbox -> Vector Geometry. Vous mettez simplement la distance de décalage pour les axes x et y et l'exécutez ou, comme indiqué ci-dessus, si vous préférez le positionnement manuel, commencez à éditer le calque, sélectionnez toutes les entités et déplacez-les avec l'outil "Déplacer l'entité".


je trouve le "Modification du sommet numérique" plugin très utile pour spécifier de nouvelles coordonnées pour un point.

Sur une couche modifiable, utilisez l'outil pour sélectionner un point, puis vous serez invité à entrer les nouvelles coordonnées.


Il existe un plugin appelémouvementsur le dépôt de code.

Il déplace les formes des points A et B et le fait sans complications.

Il déplace tous les objets sélectionnés d'un point à un autre avec un accrochage.


Modélisation multi-niveaux et géostatistique du risque de paludisme chez les enfants du Burkina Faso

Les recherches antérieures sur les déterminants du paludisme au Burkina Faso se sont largement concentrées sur les facteurs de risque individuels. Cependant, le risque de paludisme est également façonné par la communauté, le système de santé et les caractéristiques climatiques/environnementales. Les objectifs de cette étude étaient : i) d'identifier les facteurs de risque individuels, familiaux, communautaires et climatiques/environnementaux du paludisme chez les enfants de moins de cinq ans, et ii) de produire une carte des risques de parasitémie au Burkina Faso.

Méthodes

L'Enquête Démographique et de Santé (EDS) de 2010 a été la première au Burkina Faso à tester les enfants pour la parasitémie palustre. Des modèles multiniveaux et géostatistiques ont été utilisés pour explorer les déterminants du paludisme à l'aide de cette base de données représentative au niveau national.

Résultats

La parasitémie a été collectée chez 6 102 enfants, dont 66,0 % (intervalle de confiance (IC) à 95 % : 64,0-68,0 %) étaient positifs pour Plasmodium spp. Les enfants plus âgés (>23 mois) étaient plus susceptibles d'être parasitémiques que les plus jeunes, tandis que les enfants issus de ménages plus riches et dont la mère avait fait des études supérieures étaient moins à risque. Au niveau communautaire, vivre dans un district avec un taux de fréquentation des établissements de santé inférieur à 2 visites par an était significativement associé à une plus grande probabilité d'être infecté. La prévalence du paludisme était également associée à un indice de végétation différentiel normalisé plus élevé, à des précipitations mensuelles moyennes plus faibles et à des densités de population plus faibles. La parasitémie palustre prédite était variable dans l'espace, les localités se situant dans une fourchette de prévalence de 11 % à 92 %. Le nombre d'enfants parasitémiques était néanmoins concentré dans les zones à forte densité de population, même si le risque de paludisme était notablement plus élevé dans les zones rurales peu peuplées.

Conclusion

La prévalence du paludisme au Burkina Faso est considérablement plus élevée que dans les pays voisins. Nos estimations spatialement explicites basées sur la population du risque de paludisme et du nombre d'enfants infectés pourraient être utilisées par les décideurs locaux pour identifier les domaines prioritaires où les efforts de lutte devraient être renforcés.


Contexte

Le Culex pipiens complexe comprend deux des espèces de moustiques les plus répandues dans le monde, Cx. pipiens L. (le moustique domestique du nord) dans les climats tempérés et Cx. quinquefasciatus Say (le moustique domestique du sud) dans les climats tropicaux et subtropicaux. Bien que toujours en débat, deux formes ou biotypes paléarctiques sont généralement reconnus au sein de Cx. pipiens, les formes pipiens et molestus [1, 2]. Les deux formes sont morphologiquement très similaires, néanmoins les deux formes présentent des différences comportementales et physiologiques importantes, telles que le choix de l'hôte et les sites de reproduction [3, 4].

Les moustiques du Cx. pipiens sont considérés comme les principaux vecteurs du virus du Nil occidental (VNO) en Europe et en Amérique du Nord [5, 6]. Le cycle d'infection implique les oiseaux et les moustiques. En particulier, les oiseaux migrateurs jouent un rôle dans l'introduction du virus dans les zones tempérées d'Eurasie lors des migrations printanières [7]. Les moustiques appartenant au Cx. pipiens se nourrissent à la fois d'hôtes aviaires et mammifères. Ce comportement attribue aux moustiques du complexe le rôle de vecteur-pont pour la transmission du VNO aux oiseaux et aux mammifères, dont l'homme [5, 8]. En Italie, après le premier signalement en 1998, le VNO est devenu endémique dans le Nord-Est après 2008 [9, 10] et depuis lors, dans cette zone, il a été constamment détecté chez l'homme, chez les animaux et chez les moustiques vecteurs [11 ]. En particulier, les zones considérées comme les plus touchées par l'épidémie de VNO sont les zones humides entourant le fleuve Pô, dans les régions de la Vénétie et de l'Émilie-Romagne [12, 13]. De plus, la découverte récente de la circulation simultanée de deux lignées du VNO dans cette zone confirme le nord-est de l'Italie comme une zone à haut risque d'émergence du VNO [14].

Ce scénario a attiré l'attention sur les moustiques du Cx. pipiens complexe habitant la dernière partie du fleuve Pô. Dans cette zone, les zones urbaines sont majoritairement alternées avec de grandes surfaces cultivées, des rizières et des zones humides naturelles. Ici, en été, Cx. pipiens atteint des densités de population élevées, créant beaucoup de gêne. Malgré leur pertinence épidémiologique, les données génétiques de la population pour le Cx. pipiens complexe dans cette zone de foyer de VNO font toujours défaut. Nous considérons qu'il est particulièrement important de comprendre la structure de la population et les modèles de distribution des Cx. pipiens dans une zone épidémique du VNO. Variabilité génétique au niveau local Cx. pipiens les populations pourraient être à l'origine de différences biologiques dans le comportement de morsure et de vol, et dans la distribution spatiale et temporelle, avec des effets sur les modèles épidémiologiques de l'infection par le VNO.

A ce jour, certaines enquêtes sur la variabilité génétique des Cx. pipiens ont été réalisées dans plusieurs pays européens en utilisant des allozymes et des marqueurs mitochondriaux [15-17]. Ces études ont montré une faible variabilité génétique dans la plupart des populations analysées par rapport aux espèces étroitement apparentées Cx. torrentium Martini, morphologiquement très similaire à Cx. pipiens et se produisant en sympatrie avec cette espèce dans toute l'Europe et certaines parties de l'Asie [1]. D'autres études génétiques ont porté sur l'occurrence sympatrique des formes molestus et pipiens, soulignant la présence d'une introgression asymétrique entre les deux formes et ses implications pour la transmission du VNO [18, 19].

Dans cette étude, nous avons déduit la structure génétique de la Cx. pipiens complexe le long de la dernière partie du fleuve Pô en utilisant à la fois des marqueurs mitochondriaux et nucléaires. En détail, nous avons étudié la diversité génétique du cytochrome c la sous-unité 1 de l'oxydase (COI) et le cytochrome c sous-unité 2 de l'oxydase (COII) dans les populations considérées. Le cytochrome c Le fragment d'oxydase a été fréquemment utilisé pour étudier des complexes d'espèces de moustiques ainsi que pour comparer des modèles phylogéographiques au sein de taxons étroitement liés, par ex. [20–22] en raison du nombre élevé de copies par cellule du génome mitochondrial, de son héritage maternel et de son taux de recombinaison rare. De plus, pour étudier la diversité des Culex moustiques et pour identifier d'éventuels taxons cryptiques, nous avons analysé le gène de l'acétylcholinestérase-2 (ace-2), un gène codant pour une protéine souvent utilisé pour la discrimination au sein de la Culex espèces complexes [21, 23, 24]. Enfin, nous avons évalué l'effet possible de la composition du paysage sur la diversité génétique. La composition du paysage est connue pour influencer la densité et la diversité des moustiques [25, 26] mais, à notre connaissance, les études associant variabilité génétique et composition du paysage font encore défaut pour Cx. pipiens. Ces informations pourraient aider à mieux identifier les caractéristiques du paysage susceptibles d'affecter la structure des populations de moustiques, principalement dans une zone à haut risque d'épidémie d'arbovirus.


Introduction

La plupart des systèmes de surveillance de la santé publique et des laboratoires s'appuient sur des tests sérologiques et moléculaires qui ont été développés pour détecter des agents pathogènes spécifiques. Cependant, les tests de laboratoire conventionnels sont souvent inefficaces pour détecter tous les agents responsables de la maladie. Des études ont montré que 40 % des cas de gastro-entérite (Finkbeiner et al., 2008) et jusqu'à 60 % des cas d'encéphalite (Ambrose et al., 2011) n'ont pas été détectés par les tests de laboratoire conventionnels. Les agents pathogènes peuvent passer inaperçus s'ils sont nouveaux ou s'ils n'ont pas déjà été présents dans une région. Il existe de nombreux exemples d'émergence de nouveaux agents pathogènes ou de réémergence d'organismes connus dans de nouveaux endroits où les systèmes de surveillance disponibles étaient inadéquats, comme cela s'est produit avec les épidémies de grippe H7N9 (Gao et al., 2013), le coronavirus du syndrome respiratoire du Moyen-Orient (MERS -CoV) (van Boheemen et al., 2012 Kindler et al., 2013) et l'épidémie de syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS) en 2003 (Wang et Jolly, 2004).

Les tests de diagnostic conventionnels utilisés par la plupart des laboratoires de référence nécessitent une culture, une microscopie, une sérologie et une réaction en chaîne par polymérase (PCR). De tels outils sont utiles pour la détection des agents pathogènes, mais uniquement si les conditions de culture, la sensibilité des tests et les amorces sont compatibles et adaptées à la cible microbienne. D'autres approches moléculaires peuvent être utilisées pour capturer un plus large éventail d'espèces pathogènes telles que la PCR multiplex qui cible des régions d'ADN hautement conservées ou des tests multiplex qui ciblent bon nombre des agents pathogènes les plus courants connus pour provoquer des symptômes similaires. Cependant, il convient de noter que même lorsque des tests multiplex sont utilisés, les agents pathogènes non inclus dans le multiplexage peuvent ne pas être détectés. L'utilisation de l'ADNr 16S a été proposée pour la première fois par Woese et Fox (1977) et Woese et al. (1990) comme outil pour l'identification moléculaire et la caractérisation des micro-organismes. Le gène de l'ADNr 16S est hautement conservé chez les procaryotes et certaines parties de sa séquence sont hypervariables entre les espèces, ce qui en fait un marqueur idéal pour l'identification des espèces et pour comprendre les relations évolutives (Gill et al., 2006 Sogin et al., 2006 Dethlefsen et al. ., 2008 McInerney et al., 2008 Tringe et Hugenholtz, 2008 Sunagawa et al., 2009). La métagénomique permet de comparer le matériel génétique de plusieurs échantillons. L'une des approches métagénomiques les plus courantes est le séquençage d'amplicon profond (DAS), qui utilise une amorce universelle pour amplifier des parties du gène de l'ARNr 16S à partir d'échantillons. Un avantage majeur de la métagénomique est la détection simultanée de tous les micro-organismes dans des échantillons cliniques sans connaissance préalable de leur identité. De plus, la métagénomique a le potentiel de détecter des agents pathogènes rares et nouveaux. Les tests de surveillance actuels sont limités dans leur capacité à détecter l'émergence de nouveaux agents pathogènes ou de ceux qui n'étaient pas connus auparavant pour être présents dans une région donnée. Les approches métagénomiques peuvent combler ces lacunes en identifiant des agents étiologiques inconnus et en aidant au développement d'un nouveau test de détection des agents pathogènes (Miller et al., 2013 Mokili et al., 2013 Wan et al., 2013).

Les approches métagénomiques sont particulièrement adaptées aux maladies zoonotiques. On estime que plus de 60 % des agents pathogènes humains sont d'origine animale (Taylor et al., 2001). Les rongeurs sont des réservoirs majeurs qui représentent un large éventail de maladies zoonotiques émergentes chez l'homme et le bétail (Jones et al., 2008 Meerburg et al., 2009). La co-infection de plusieurs agents pathogènes chez des rongeurs individuels est fréquemment observée et l'interaction entre les agents pathogènes peut avoir des effets significatifs (Cox, 2001). De telles co-infections peuvent rendre les rongeurs plus ou moins sensibles à d'autres microparasites (Tadin et al., 2012). En général, les infections multiples chez les animaux sauvages peuvent augmenter la gravité de la maladie chez un hôte (Lello et al., 2005), affectant la survie et la reproduction des animaux hôtes (Davidar et Morton, 2006 Holmstad et al., 2008). La surveillance des maladies chez les rongeurs et autres animaux sauvages peut fournir des informations importantes pour la préparation de la santé publique. La surveillance peut également être utilisée pour mesurer la biodiversité et l'émergence de maladies qui sont toutes deux directement liées à la stabilité des écosystèmes (Keesing et al., 2010 Grogan et al., 2014). Les approches métagénomiques combinées à la NGS peuvent être des outils puissants pour démêler les modèles complexes de transmission d'agents pathogènes parmi les ectoparasites, les réservoirs animaux et les humains. Par exemple, le NGS a été utilisé pour effectuer des analyses de repas de sang afin de déterminer le large éventail d'animaux dont les vecteurs se nourrissent et les réservoirs possibles (Alcaide et al., 2009). Le NGS a également été utile pour trouver des agents pathogènes inattendus qui ne sont normalement pas associés à des vecteurs particuliers (Vayssier-Taussat et al., 2013) et a été utilisé pour montrer la diversité génétique des bactéries qui sont spécifiques à certains animaux hôtes et vecteurs (Pierlé et al., 2014 Swei et al., 2015). Ces informations peuvent être utilisées pour corréler les infections chez les personnes avec des vecteurs importants et des hôtes réservoirs.

Dans cette étude, la métagénomique et la technologie NGS ont été utilisées pour caractériser les populations humaines (patients atteints de maladie fébrile indifférenciée (UFI)), hôtes réservoirs (rongeurs et petits mammifères) et ectoparasites (aoûtats, tiques, puces et poux) pour les agents pathogènes bactériens. Tous les échantillons ont été collectés dans la province de Nan, dans le nord de la Thaïlande. Étant donné que tous les échantillons provenaient des mêmes sites, les bactéries de différentes populations ont pu être comparées pour déterminer les vecteurs et réservoirs potentiels. La province de Nan est fortement endémique pour le typhus des broussailles, causé par l'agent Orientia tsutsugamushi, et l'un des principaux objectifs de cette étude était de déterminer l'étiologie et la dynamique de transmission du typhus des broussailles dans la région. Un autre objectif était d'identifier d'autres agents pathogènes bactériens sous-déclarés ou inconnus auparavant dans cette région. Les résultats du NGS ont été vérifiés par des méthodes conventionnelles telles que la PCR en temps réel, la PCR et le séquençage de l'ADN pour confirmer le potentiel pathogène des bactéries détectées et pour mieux caractériser ces agents pathogènes importants au niveau de l'espèce. De plus, des tests sérologiques ont été effectués pour déterminer la séroprévalence et l'historique de l'exposition humaine aux agents pathogènes détectés par l'approche NGS. La caractérisation approfondie des bactéries réalisée dans cette étude à partir d'humains, d'animaux hôtes et d'ectoparasites nous a permis de déterminer la dynamique de transmission des agents pathogènes et d'identifier plusieurs agents pathogènes nouveaux et non signalés dans cette région.


Abstrait

Barombi Kotto, Cameroun sert de lieu de référence pour évaluer les stratégies d'intervention contre Schistosoma haematobium.

Dans le cadre d'une étude pilote, toute la communauté a été traitée avec du praziquantel, y compris les enfants d'âge préscolaire (PSAC) et leurs mères. Un an plus tard, les infections liées aux œufs ont été réévaluées et les profils de contact avec l'eau de 12 paires de PSAC et de leurs mères ont été mesurés à l'aide d'enregistreurs de données du système de positionnement global (GPS).

Une réduction substantielle de la prévalence de l'infection générale, de 44,8 % à 12,2 %, a été observée, mais certaines mères et PSAC ont continué d'avoir des infections patentes. L'analyse des données GPS a démontré des niveaux de contact avec l'eau similaires entre les groupes d'enfants et de mères, bien que certains individus aient été des valeurs aberrantes numériques.

Cette étude montre le potentiel des enregistreurs de données GPS pour clarifier le statut à risque de l'AFPC et des mères.


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4. Discussion

4.1 Réponses génétiques adaptatives au climat

Devenir mince A. tridentata se produit principalement au printemps, alors que les niveaux d'humidité du sol sont élevés (Germino & Reinhardt, 2014 Schlaepfer, Lauenroth, & Bradford, 2014 ), pourtant les températures minimales sont souvent physiologiquement limitantes et même mortelles (Brabec et al., 2016 ). De fortes différences d'évitement et de tolérance ont été mises en évidence parmi les semis de la sous-espèce : groupes de cytotypes de A. tridentata liés à leur mortalité et ont suggéré l'importance de la réponse de congélation comme axe de différenciation adaptative (Brabec et al., 2016 ). Au niveau du paysage, les pressions de sélection de différents climats ont potentiellement généré des différences dans la phénologie et les stratégies de croissance pour A. tridentata. Une hypothèse serait que les régions intérieures, avec un climat continental (plus grands extrêmes de température été-hiver), soutiennent de grandes populations d'armoises qui ont une stratégie de croissance qui confère la résistance, la tolérance ou l'évitement des températures de congélation par des mécanismes physiologiques ou un report/retard de croissance jusqu'après la période des gelées printanières. Dans les climats plus modérés au sud et à l'ouest, nous émettons en outre l'hypothèse que A. tridentata initie la croissance plus tôt au printemps pour capter l'humidité du sol au printemps, ce qui augmente le risque d'exposition au gel dans les jardins que nous avons évalués. Ci-dessous, nous discutons de la manière dont les résultats de nos analyses appuient cette hypothèse.

Les résultats du modèle mixte linéaire généralisé ont indiqué que le climat source-population est un bon prédicteur de la survie dans A. tridentata. Le modèle génécologique mixte linéaire généralisé final expliquait 44% de variation (conditionnel R 2 = 0,439). Les effets génétiques du modèle final, les variables climatiques TDIFF et SMRP ainsi que les sous-espèces végétales : groupe de cytotypes, expliquaient 17% de la variation (marginal R 2 = 0,171). Les schémas de survie suivent un gradient du sud-ouest au nord-est où, en général, les populations des latitudes plus élevées et des longitudes plus basses supportent une survie plus élevée (figure 1). Ces régions continentales, comme le Montana et le Colorado, ont des hivers plus froids et un taux de survie plus élevé. Ces populations semblent adaptées aux températures hivernales minimales basses et aux printemps plus tardifs. Une survie plus faible a été observée chez les plantes des régions du sud-ouest avec des climats plus modérés. La croissance dans ces régions commence probablement plus tôt au printemps pour maximiser la disponibilité de l'eau provenant de la fonte des neiges et a une faible probabilité de gel en raison des hivers plus doux. Cependant, la croissance précoce à Ephraim, où il y a eu une exposition à des températures minimales extrêmement basses en fin d'hiver et à des gelées printanières plus fréquentes (Fig. S3), expose la plante au risque de gel et de sécheresse liée au froid (Lambrecht, Shattuck et Loik, 2007 ).

Nos résultats appuient des recherches antérieures qui ont également indiqué l'importance adaptative des températures minimales (Bower et al., 2014 Erickson, Mandel, & Sorensen, 2004 Horning et al., 2010 Johnson, Sorensen, Bradley St Clair, & Cronn, 2004 Richardson et al. ., 2014 St. Clair et al., 2013 ). Bien que A. tridentata est généralement considérée comme tolérante au froid, la destruction par l'hiver a été documentée dans des populations naturelles (Walser et al., 1990 ) et des jardins communs de semis dans des sites relativement chauds (Brabec et al., 2016 ). D'autres études de A. tridentata ont également trouvé des différences dans la tolérance au gel associées à l'emplacement de la source, comme une plus grande acclimatation au gel pour les semis provenant de sources de graines à plus haute altitude (Loik et Redar, 2003 ).

Bien que nous ayons trouvé des différences de taux de survie entre les sous-espèces végétales:groupes de cytotypes, ces différences étaient fortement influencées par la source-population. Des comparaisons post hoc de notre analyse de survie ont révélé que seuls les tétraploïdes vaseyana (V4x) était significativement différent des autres sous-espèces : groupes de cytotypes. Cela peut être attribuable aux origines de la population source plutôt qu'à de véritables différences taxonomiques, compte tenu du nombre de tétraploïdes vaseyana (V4x) provenaient du sud-ouest des États-Unis (par exemple, CAV3, CAV4, NVV3). Des travaux antérieurs ont suggéré que A. tridentata les sous-espèces sont adaptées à différents habitats (Mahalovich & McArthur, 2004 McArthur, 1994 Wang et al., 1997 ), qui peuvent souvent être définis à des échelles spatiales locales. Cependant, nos résultats suggèrent qu'au sein des sous-espèces, les populations sont principalement adaptées aux clines de continentalité (tableau 2).

4.2 La variation du microclimat influence la survie

Survie de A. tridentata différaient considérablement entre les sites de jardins communs (tableau 2, figure S2). Ces différences étaient les plus frappantes entre Ephraim et Majors Flat, qui ne sont séparés que de 8 km. Ephraim est situé dans un bassin, tandis que Majors Flat est situé 415 m plus haut dans les montagnes. Cependant, les températures minimales étaient systématiquement plus basses à Ephraim (tableau 1) en raison du drainage de l'air froid au printemps et en été et des inversions de température (c.-à-d., « découplage atmosphérique » Daly, Conklin et Unsworth, 2010 Schuster, Kirchner, Jakobi et Menzel , 2013 ) pendant l'hiver. Les températures minimales quotidiennes pendant l'hiver à Ephraim étaient en moyenne de 2,7°C et 6,8°C inférieures à Majors Flat et Orchard, respectivement. Ces différences étaient les plus prononcées lors des événements d'inversion de température sous-régionale (décantation et piégeage de l'air froid à quelques mètres ou kilomètres au-dessus de la surface de la terre) où les températures minimales étaient respectivement de 18,6 °C et de 28,5 °C de moins à Ephraim qu'à Majors Flat et Orchard ( Fig. S3). Un autre facteur climatique qui peut avoir eu un impact sur la survie est la faible épaisseur de neige. Un grand gradient de précipitations hivernales se produit entre les bassins et les chaînes, avec une plus grande accumulation de neige dans les montagnes plutôt que dans les bassins. Nous émettons l'hypothèse que les basses températures minimales et la faible épaisseur de neige à Éphraïm ont eu un impact sur la faible survie dans le jardin d'Éphraïm, en particulier chez les sous-espèces vaseyana (20% de survie). La conception de l'étude actuelle ne nous permet pas de tester spécifiquement la présence d'adaptations microclimatiques, nous suggérons que les travaux futurs examinent cela. Les différences de microclimat, à savoir les températures de congélation, sont connues pour être un déterminant important dans la répartition d'autres espèces du désert (Franco & Nobel, 1989 Loik & Nobel, 1993 Shreve, 1911 ). De plus, des recherches en A. tridentata a trouvé une faible survie dans vaseyana dans les zones où un manteau neigeux typiquement élevé était absent, mais une survie élevée dans les zones avec une couverture neigeuse présente (Hanson, Johnson et Wight, 1982). De plus, Loik et Redar (2003) ont suggéré que A. tridentata les semis à des altitudes plus élevées peuvent être moins exposés au gel en raison de la plus grande prévalence de neige. Conformément à cela, Brabec et al. ( 2016 ) ont constaté que la sous-espèce vaseyana avait le moins et wyomingensis avaient le plus grand évitement physiologique et la plus grande résistance au gel parmi les sous-espèces, et ils ont proposé que les différences apparemment ironiques étaient dues à une plus grande couverture de neige isolante à plus haute altitude pendant l'hiver et le printemps. Ces résultats suggèrent que la sélection pour la tolérance au froid peut être liée à la variation du microclimat à l'échelle locale, que nous proposons comme un sujet important pour une enquête plus approfondie.

De nombreux traits peuvent affecter la forme physique, influençant la croissance et la fécondité, ainsi que la survie. Cette étude démontre que déplacer des plantes adaptées au chaud dans des climats froids diminue leur survie. Bien qu'il y ait peu de preuves de l'inverse, la faible survie parmi les plantes adaptées au froid dans un climat chaud, des compromis dans d'autres traits de fitness peuvent exister. Par exemple, les données sur le rendement en graines suggèrent que les plantes adaptées au froid avaient une fécondité réduite dans les climats plus chauds par rapport aux plantes adaptées au chaud (B.A. Richardson, données non publiées). Une autre possibilité, qui dépassait le cadre de cette expérience, est que les plantes adaptées au froid peuvent avoir un succès d'établissement inférieur dans les climats plus chauds par rapport aux plantes adaptées au chaud.

4.3 Candidatures

Les scénarios climatiques futurs prévoient une augmentation des températures moyennes mondiales et une augmentation des conditions météorologiques extrêmes. Comme le climat qui A. tridentata est adapté à est déplacé, les plantes devront migrer vers de nouvelles zones, une tâche lente pour un organisme sessile (Shaw & Etterson, 2012 ). Le mouvement des espèces végétales en réponse au réchauffement climatique rapide sera souvent plus lent que les changements génétiques phénotypiques et adaptatifs nécessaires pour s'adapter au nouveau climat. En raison de la différenciation des populations, les effets du changement climatique sont susceptibles de varier dans l'ensemble de l'aire de répartition d'une espèce (Davis, Shaw et Etterson, 2005 ). Bien que les endroits soumis à de fréquentes accumulations d'air froid ne soient pas susceptibles d'échapper à la hausse des températures régionales, ils peuvent agir comme des micro-refuges contre les tendances et les variations de température amplifiées (Dobrowski, 2011). Grâce à la modélisation génécologique des scénarios climatiques futurs, il est probable qu'à mesure que le climat change, A. tridentata ne sera pas génétiquement adapté à l'environnement dans lequel il pousse actuellement, ce qui entraînera la disparition de certaines populations.

Le déplacement des populations de graines vers des zones en dehors de leur largeur adaptative peut avoir un impact négatif sur la valeur adaptative (Hereford, 2009 ). Restauration de A. tridentata après des incendies ou d'autres perturbations a été une priorité de gestion au cours de la dernière décennie, mais le succès de ces efforts a été variable (Arkle et al., 2014 Knutson et al., 2014 ). Plantation A. tridentata les graines en dehors de leur largeur adaptative pourraient entraîner un établissement infructueux et/ou une faible valeur adaptative et offrir une opportunité d'empiètement d'espèces envahissantes entraînant une perte de diversité des espèces et une dégradation de l'écosystème (examiné dans Dumroese, Luna, Richardson, Kilkenny et Runyon, 2015). Des recherches antérieures ont montré que les espèces/sous-espèces d'armoise sont adaptées à différentes niches écologiques telles que l'altitude et le type de sol (McArthur, 1994). Le déplacement des populations d'armoises vers différentes conditions climatiques ou édaphiques n'est donc pas recommandé (Mahalovich & McArthur, 2004 ). Notre travail est la première étape vers la création de directives basées sur le climat pour le transfert de semences à des fins de restauration dans A. tridentata. Être capable de cartographier les traits liés au climat à travers le paysage est un avantage pratique de la génécologie, qui est particulièrement utile dans des environnements très hétérogènes tels que l'ouest de l'Amérique du Nord. Cette recherche sera la première étape pour délimiter les zones de transfert de semences, des lignes directrices pour s'assurer que les semences utilisées pour la restauration sont adaptées au site.


Abstrait

Phlébotome (Transphlébotome) mascittii Grassi, 1908 (Diptera : Psychodidae) a été trouvé dans plusieurs pays européens. En Espagne, des enregistrements sporadiques ont été signalés au début des années 80 en Catalogne (nord-est de l'Espagne), et cela n'a plus jamais été détecté. Des prospections entomologiques récentes réalisées entre 2004 et 2020 ont révélé la présence de plusieurs spécimens de P. mascittii en Espagne. L'identification de l'espèce a été confirmée par des analyses morphologiques et moléculaires. Les spécimens analysés appartenaient à l'haplotype (COI_2) défini par un site polymorphe par rapport aux autres spécimens européens. Phlebotomus mascittii a été trouvé en faibles densités de population dans les zones rurales associées aux fermes d'élevage et dans un cimetière urbain pendant la saison estivale. Cette étude fournit les premiers enregistrements de cette espèce dans diverses localités le long de la corniche cantabrique (nord de l'Espagne) et représente son observation la plus occidentale dans la région paléarctique. Les implications de la découverte de cette espèce rare sont discutées à différents niveaux, en mettant l'accent sur son rôle présumé dans la transmission de la leishmaniose.


Résumé de l'auteur

L'évaluation de l'impact des programmes de lutte antivectorielle nécessite des mesures longitudinales de l'abondance des insectes vecteurs dans les zones d'intervention. Une telle surveillance peut être coûteuse, en particulier dans les dernières étapes d'un programme réussi où le nombre de vecteurs et de cas de maladie est faible. Un suivi efficace passe par une sélection préalable de sites de suivi faciles d'accès et produisant des informations riches sur l'abondance des vecteurs. Ici, nous avons utilisé des algorithmes de classification d'images et de distance de coût pour produire des estimations de l'accessibilité dans le district de Koboko, en Ouganda, où la lutte antivectorielle contribue à l'élimination de la maladie du sommeil, une maladie tropicale négligée (MTN). Nous combinons une surface d'accessibilité avec des estimations préexistantes de l'abondance des glossines et proposons une approche d'échantillonnage stratifié pour déterminer les emplacements qui sont associés à un faible coût (temps de trajet le plus faible) et un potentiel de collecte de données longitudinales (forte abondance avant l'intervention). Notre méthode pourrait être adaptée pour être utilisée dans la planification et le suivi des programmes de lutte contre les glossines et autres vecteurs. En fournissant des méthodes pour garantir que les programmes de lutte antivectorielle fonctionnent avec une efficacité maximale, nous pouvons garantir que le financement limité associé à certaines de ces MTN a le plus grand impact.

Citation: Londubat J, Krause A, Torr SJ, Stanton MC (2020) Quantification de l'accessibilité géographique pour améliorer l'efficacité de la surveillance entomologique. PLoS Negl Trop Dis 14(3) : e0008096. https://doi.org/10.1371/journal.pntd.0008096

Éditeur: Guilherme L. Werneck, Universidade do Estado do Rio de Janeiro, BRÉSIL

A reçu: 19 juin 2019 Accepté: 28 janvier 2020 Publié : 23 mars 2020

Droits d'auteur: © 2020 Londubat et al. Il s'agit d'un article en libre accès distribué selon les termes de la licence d'attribution Creative Commons, qui permet une utilisation, une distribution et une reproduction sans restriction sur tout support, à condition que l'auteur et la source d'origine soient crédités.

Disponibilité des données: Les surfaces de friction créées sont fournies sous forme de fichier S1 (résolution de 3 m) et de fichier S2 (résolution de 0,5 m) via FigShare (10.6084/m9.figshare.11837019 et 10.6084/m9.figshare.11837070 respectivement). Le code utilisé pour générer et valider les surfaces de résistance peut être trouvé en tant que fichier S3.

Le financement: JL est financé par une bourse du Conseil de recherches médicales (prix n° 1964851). SJT est financé par des subventions de la Fondation Bill & Melinda Gates (OPP1104516), du Conseil de recherche en biotechnologie et sciences biologiques, du Département du développement international, du Conseil de recherche en sciences économiques et sociales, du Conseil de recherche sur l'environnement naturel et de la Défense, de la science et de la technologie. Laboratoire, dans le cadre du programme Zoonoses et systèmes émergents et d'élevage (ZELS) (Subvention n° BB/L019035/1). La subvention de la Fondation Bill & Melinda Gates OPP1104516 soutient également MCS. Le MCS reconnaît un financement supplémentaire du Medical Research Council (MR/M014975/1). Les bailleurs de fonds n'ont joué aucun rôle dans la conception de l'étude, la collecte et l'analyse des données, la décision de publier ou la préparation du manuscrit.

Intérêts concurrents : Les auteurs ont déclaré qu'ils n'existaient pas de conflit d'intérêts.


Fichier supplémentaire 1 :

Exemple de métadonnées, y compris la liste des contaminants rejetés.

Fichier supplémentaire 2 :

Supplément méthodologique pour la conception et la validation de l'amorce de blocage du gène de l'ARNr 18S

Fichier supplémentaire 3 :

Résultats des analyses d'ordination basées sur 'de base' et 'decontam' ensembles de données.

Fichier supplémentaire 4:

Contexte phylogénétique de l'ensemble d'échantillons déduit de barreur séquences.

Fichier supplémentaire 5:

Changement ontogénétique du microbiome dans d'autres Triatome sp.

Fichier supplémentaire 6 :

Différence significative dans la dispersion bêta des groupes de stades larvaires (L1-L3 et L4-L6) calculée à partir de la Très propre base de données.

Fichier supplémentaire 7 :

Analyses NMDS de T. rubida microbiomes from early instar (L1-L3) individuals found in different N. albigula nests at UADS.

Additional File 8:

Bartonella phylogenetic analysis of gltA sequences retrieved from T. rubida.


Voir la vidéo: Tutoriel 1: Géoréférencement Dune Carte Scannée Et Numérisation Des Données Vecteurs Dans QGIS3 (Octobre 2021).